שילוח יהודים מצרפת למזרח היה שיאו של תהליך בן שנתיים של רדיפות וחקיקה תוקפניות, ובכללן חקיקת חוקים שהגדירו מיהם יהודים, בידודם מן החברה הצרפתית, שלילת פרנסתם, כליאת רבים מהם ורישום שמותיהם במשטרה.
כליאת יהודי צרפת במחנות ריכוז החלה בחורף 1940-1941. אלפי יהודים נכלאו במחנות באזור פריס ובדרום מערב צרפת. במאי 1941 נעצרו אלפי יהודים נוספים.
במרס 1942 נעצרו כאלף יהודים ונשלחו ממחנה קומפיינייה (Compiègne) לאושוויץ. הנסיעה נמשכה כיומיים. רוב אלו שנותרו בחיים לאחר הנסיעה, נרצחו.
ביולי 1942 נעצרו בפריס וביתר האזור הכבוש כ-23,000 יהודים. ביוזמתו של פייר לואל (Pierre Laval) – ראש ממשלת וישי, גורשו רוב ילדי היהודים למזרח עם הוריהם. המעצרים והגירושים בוצעו באלימות רבה ולעתים תוך הפרדת בני זוג, הורים וילדים, אחים ואחיות. "הרס אכזרי של משפחות יהודיות", כתב העיתונאי היהודי הפריסאי ז'ק ביילינקי.
באוגוסט 1942 החל מעצרם של אלפי יהודים נוספים בשטחי "משטר וישי" וגירושם למחנות ריכוז, מהם גורשו להשמדה במזרח. "הגירושים דוחסים את מחנות הריכוז וזורעים אימה במשפחות היהודיות", כתב ביילינקי ב-18 באוגוסט, "כי עד עצם היום הזה לא ידוע דבר על אלה שגורשו".
בספטמבר עצרו שוטרים פריסאים כאלף מהגרים יהודים מרומניה ושלחו אותם למחנה דרנסי. כמעט כולם נרצחו במחנות ההשמדה שלושה ימים בלבד לאחר מעצרם. בנובמבר התקיים מצוד נוסף בפריס. למעלה מאלף יהודים ממוצא יווני נעצרו ונשלחו למזרח.
היהודים הגיבו לגירושים בהפסקת שיתוף הפעולה עם הרשויות הגרמניות והצרפתיות ועם הארגונים היהודיים שאלה יסדו. רבים מהם הסתתרו בכ-6,000 כפרים ועיירות ברחבי צרפת. בתגובה לכך פשטו הגרמנים והצרפתים גם באזורים הכפריים ובתחומי "משטר וישי".
פעילי ארגון הסיוע היהודי "אמלו" (Amelot) העבירו חבילות לכלואים במחנות, סייעו בשמירת הקשר עם המגורשים והשיגו אישורים שסייעו ליהודים להינצל מגירוש. הם אף הצילו יהודים מגירוש על ידי הסתרת ילדים וחלוקת מסמכים מזויפים. הארגון הכללי הכפוי של יהודי צרפת, אוז'יף (UGIF), הצליח לחלץ מגירוש למעלה מ-1,400 ילדים יהודים בעלי אזרחות צרפתית, אם כי הוריהם גורשו.
ארגונים יהודיים סייעו לילדים בעזרה סוציאלית, בפתיחת בתי מחסה ובשליחת ילדים לכפרים. יהודים הצטרפו למחתרת היהודית בצרפת וכן למחתרת הצרפתית. יהודים מעטים ניסו להינצל מהשילוחים על ידי המרת דתם לקתוליות.
אלפי צרפתים ניסו לסייע ליהודים להסתתר מהגירוש. רבים מהם שילמו בחייהם על כך. "הבה נודה לאלה שמאיימים עלינו", נכתב בעיתון צרפתי סוציאליסטי. "בזכותם אנו חושבים בצורה מסוכנת ומשיבים לעצמנו את כבודנו".
מאז 1962, 3,512 צרפתים (נכון לינואר 2012) הוכרו על ידי יד ושם כחסידי אומות העולם.
כ-76,000 יהודים מצרפת, רובם מפריס, בכללם כ-11,000 ילדים, גורשו ברכבות למזרח. רובם נרצחו באושוויץ. רוב הגירושים יצאו ממחנה הריכוז דרנסי.
גם כאשר החל שחרור צרפת על ידי בעלות הברית, עדיין יצאו רכבות גירוש למזרח. רכבת הגירוש האחרונה יצאה באוגוסט 1944, בתקופת הקרבות על פריס. מבין היהודים שגורשו מצרפת למחנות ההשמדה במזרח שרדו כאלפיים וחמש מאות יהודים.