מסופר על הגאון רבי מיכל יהודה ליפקוביץ זצ"ל, ראש ישיבת פוניבז' לצעירים, שביום מן הימים כשישב בחדרו ועסק בתורה, שמע מריבות וצעקות ליד אולם הישיבה. חשב הרב שהילדים רבים ביניהם, לבש את המגבעת והחליפה וירד למטה.
בהגיעו לשם ראה הרב קבוצת בחורים מישיבת העולים החדשים [שהיתה בסמוך לישיבת פונוביז' לצעירים] מתקוטטת עם קבוצת בחורים מישיבתו, ולפתע שמע הרב לתדהמתו את אחד מתלמידיו מנבל פיו באומרו דבר גנאי נגד ראש הישיבה האחרת.
הזדעזע הרב עד עמקי נשמתו. מיד ניגש לבחור והורה לו לארוז את חפציו ולהסתלק מהישיבה, "אם הגעת לדרגה כל כך חמורה, לדבר סרה על רבנים אחרים – אין מקומך בישיבתנו", אמר בצער, והוסיף כמה ממאמרי חז"ל בענין: "והוי זהיר בגחלתן שלא תכוה, שנשיכתן נשיכת שועל, ועקיצתן עקיצת עקרב, ולחישתן לחישת שרף" (אבות ב, י). לא חרבה ירושלים אלא על שביזו בה תלמידי חכמים, וכל המבזה תלמיד חכם גדול עוונו מנשוא ואין רפואה למכתו (שבת קיט ע"ב), ה' ירחם.
והנה, כל בחורי הישיבה הכירו את רבם שהיה מאוד זהיר בדיבורו ולא דיבר הרבה, אך כשהיה מוציא דבר מפיו – היה עומד מאחוריו בכל תוקף. יצא התלמיד בבושת פנים מלפני הרב וניגש לחדרו לארוז את חפציו.
לאחר כמה דקות, ביקש הרב לקרוא לאותו תלמיד שיבוא אליו למשרדו. הבחור ניגש לרב בכניעה ובבושת פנים, והרב אמר לו:
"איני יכול לשלוח אותך לביתך לפני שתבקש סליחה מראש ישיבת העולים החדשים על שביזית אותו לפני כולם, אך יודע אני שאינך מסוגל לעשות זאת בעצמך, ולכן אני מוכן ללכת איתך יד ביד עד לביתו של ראש הישיבה כדי שתבקש ממנו את סליחתו".
"אמנם זה לא יעזור לך להישאר בישיבה", המשיך הרב, "אך אני מוכן לעשות עמך חסד וללכת איתך לראש הישיבה כדי שתבקש סליחה על העוון החמור שעשית".
אותו בחור ניסה להתחמק, אך לא היתה לו ברירה, הרב תפס בידו והלכו יד ביד לביתו של ראש הישיבה. כשהגיעו לשם ביקש התלמיד את סליחתו ואמר שהוא מתחרט חרטה גמורה על אשר דיבר.
בדרך חזרתם לישיבה, אמר רבי מיכל יהודה זצ"ל לבחור, שהואיל ועשה מעשה כה נועז והסכים לבקש סליחה מראש הישיבה, יש לו את הזכות להמשיך להישאר בישיבה, בתנאי שדבר זה לא יחזור על עצמו לעולם.
הבחור חזר לישיבה, גדל בתורה וביראת שמים והפך להיות אברך מסולא בפז. כיום הוא משמש כראש כולל ובניו תלמידי חכמים השוקדים באהלה של תורה, שְׁתוּלִים בְּבֵית ה' בְּחַצְרוֹת אֱלֹקינוּ יַפְרִיחוּ.
כך היתה דרכו של רבי מיכל יהודה ליפקוביץ זצ"ל לחנך ולהדריך בחכמה ובסבלנות.